超滤膜经过长时间运行，在浓差极化的影响下，逐渐形成凝胶层和污染物沉积层，在压差作用下缓慢压实，使流体阻力显著增加，渗透通量急剧下降，当物理方法不能恢复通量时，须使用化学清洗剂。

在清洗膜时，应注意两点:一是要了解污染物的组成和污染性质。以便采取有效的清洗方法。第二，如果你能用水洗，应该试着用水洗。只有用清水冲洗不能达到预期效果时，才应考虑采用化学清洗方法。因此，超滤膜的清洗方法，又可分为物理清洗法和化学清洗法。

1、物理清洗法

在这方面使用较为普遍的是液压冲洗法。由于水力冲洗方向不同，可分为逆向冲洗、反冲洗和正冲洗。逆向冲洗:用原水冲洗薄膜和进口端面上的杂质。反冲洗:用超滤水冲洗膜块表面的游离和剥落污染物，并分别从进口和浓缩口排出(可加入酸、碱或次氯酸钠以提高清洗效果)。正清洗:用原水清洗膜和端面上的杂质，根据运行状态清洗超滤膜。

2、化学清洗法

根据膜表面污染物的种类，选择合适的化学物质溶解、氧化或与其反应去除污染物。常用的化学品必须根据膜材料的性质来选择，如酸、碱、氧化剂、杀菌剂、表面活性剂和加酶洗涤剂。该方法与常规超滤过程相同。清洁液从原始液体的入口进入。浓缩液和超滤液全部返回到清洗液容器中。

虽然在特定条件下超滤膜有必要采用化学清洗方法，但在使用时应注意。避免化学清洗剂破坏膜分离性能，不能使污染物变形，增加膜污染，不应破坏污染物的胶体性质，使其变得刚性。在食品工业、医药工业生产中，清洗剂残留不应影响产品质量。