手术器械的清洗是指去除器械污物的全过程，包括冲洗、洗涤、漂洗和终末漂洗。
清洗过程冲洗：用流动的水去除器械上污染物，达到能进一步处理的程度。
洗涤：用含有化学清洗剂的水通过水的溶解清洗能力、清洁剂的乳化和皂化等作用，去除器械上的有机类污染物等。
漂洗：通过水的溶解清洗能力，去除器械上的污染物和化学残留物，达到清洗质量要求。漂洗后的器械如有明显的锈迹则应用除锈液浸泡除锈后再次漂洗，禁止使用工业除锈剂进行器械除锈。
终末漂洗：用纯净水或蒸馏水进行冲洗。避免自来水中含有的金属离子等化学物质对器械表面造成腐蚀、变色等问题。在精密器械处理中为必须步骤。
清洗方法目前器械的主要清洗方式可分为手工清洗、机械清洗，如超声波清洗、机器自动清洗等，操作前根据器械的数量、特性、污染程度等进行评估，选择合适的清洗方法和操作程序。器械清洗通常情况下遵循先清洗后消毒的处理程序，特殊情况下的器械，应按先消毒后清洗再灭菌的处理程序。使用后的器械附着有血液、体液、脂肪和组织碎屑等，应及时清洗，避免这些物质在器械表面干燥后，影响器械的使用寿命，同时给器械的清洗带来一定的难度，从而影响灭菌效果。
手工清洗：
能够有针对性地去除器械上湿性、干性的血渍和污渍、锈迹、水垢、化学药剂残留、医用胶残留等情况，适用于器械的清洗预处理，精密器械的清洗等，结构复杂的器械应拆卸后清洗。手工清洗时水温宜为15~30℃，清洗用具、清洗池等应每天清洁与消毒。手工清洗后的器械必须经过冲洗、浸泡、洗涤、漂洗、终末漂洗、干燥等处理流程才能进行检测、保养、包装。
机械清洗：
利用清洗设备完成清洗去污的方法，具有自动化、程序化、标准化和清洗效率高等优点，是医疗器械清洗采用的的首选方法，自动化程度高的设备在完成预清洗、洗涤、漂洗、终末漂洗、消毒、干燥等处理时，完全是自动化（全自动）的一键式操作，自动化程度较低（半自动）的设备则需要加入人工辅助操作。机械清洗适用于耐高温、湿热材质的器械清洗。
